長崎市の持続化補助金2026｜相談窓口と申請準備

長崎市の小規模事業者持続化補助金 第20回ガイド

長崎市で持続化補助金を検討する事業者にとって、基本の補助枠に加えてインボイス特例や賃金引上げ特例の活用を視野に入れることがポイントになります。インボイス特例は適格請求書発行事業者への登録などが要件で、賃金引上げ特例は従業員1人あたりの給与支給総額を年平均3.0%以上増やす計画が要件です。基本の補助上限は50万円、補助率は2/3で、両特例を満たすと最大250万円です。様式4は長崎商工会議所で発行します。発行受付締切は2026年12月4日です。特例の要件と経営計画の内容を長崎商工会議所へ相談しながら準備します。

長崎市の人口は約40万人、主要産業は造船・製造業・観光・水産加工・商業です。

長崎市の申請窓口と様式4の発行

事業支援計画書（様式4）は、事業を営んでいる地区の商工会議所または商工会が発行します。長崎市の窓口は次のとおりです。

窓口	区分	公式サイト
長崎商工会議所	商工会議所	公式サイト

自分の事業所がどちらの地区に該当するかは、商工会議所検索サイトと商工会検索サイトで確認できます。

長崎市で様式4の発行を受けるまで

1. GビズIDプライムのアカウントを取得する（GビズID）
2. 経営計画兼補助事業計画（様式2・様式3）を自分で作成する
3. 長崎商工会議所へ様式4の発行を依頼する（発行受付締切 2026年12月4日（金））
4. 商工会地区は申請システム内で依頼し窓口での面談を経て発行を受ける。商工会議所地区は窓口で受け取ったPDFを申請システムへアップロードする
5. 必要書類を揃えて申請を完了する（2026年12月15日（火）17:00）

様式4の発行受付締切以降の発行依頼は、いかなる理由があってもできません。窓口での面談枠が埋まることもあるため、早めに依頼してください。

補助上限・補助率と第20回の日程

項目	内容
制度名	小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回
補助上限（通常枠）	50万円
補助率	2/3（賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下の事業者は3/4）
インボイス特例	補助上限に50万円上乗せ
賃金引上げ特例	補助上限に150万円上乗せ
両特例を満たす場合	補助上限に200万円上乗せ（最大250万円）
申請受付	2026年11月5日（木） から 2026年12月15日（火）17:00
様式4 発行受付締切	2026年12月4日（金）
採択発表	2027年3月頃（予定）
補助事業実施期限	2028年3月31日（金）
申請方法	電子申請（GビズIDプライムが必要）

出典：公募要領 第8版（2026年7月21日）

「小規模事業者」に当てはまるかの判定

業種	常時使用する従業員の数
商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）	5人以下
サービス業のうち宿泊業・娯楽業	20人以下
製造業その他	20人以下

会社役員と同居の親族従業員、日雇労働者、2か月以内の期間を定めて使用される者、試用期間中の者は「常時使用する従業員」に含まれません。小規模事業者持続化補助金＜創業型＞との重複申請はできません（同時に申請できません）。

長崎市独自の中小企業支援制度（公式サイトで確認済み）

長崎市が実施する事業者向けの支援制度のうち、公式サイトで内容を確認できたものです。

制度名	補助額	補助率	対象	受付状況	担当・連絡先
長崎市省エネ・省力化推進事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	上限100万円（下限20万円）	3分の2	市内に事業所を有し3年以上事業継続する中小事業者（個人含む）。省エネ推進事業（10%以上の省エネ化に資する機械設備更新、自家消費型太陽光発電・蓄電池の新設、省エネ診断等の基盤整備）	受付中（令和8年12月28日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市省エネ・省力化推進事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	上限100万円（下限20万円）	3分の2	市内に事業所を有し3年以上事業継続する中小事業者（個人含む）。省力化推進事業（省力化に寄与する機械設備・システムの導入等）	受付中（令和8年12月28日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市省エネ設備等更新支援補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	上限500万円（下限100万円）	3分の2	市内に本社又は工場を有し3年以上事業継続する中小事業者。10%以上の省エネ化に資する機械設備等への更新、自家消費型太陽光発電設備・蓄電池の新設	受付中（令和8年10月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
職場環境改善事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	上限300万円	2分の1	市内に工場を有する製造業・建設業・運輸業の中小事業者。工場内の業務用エアコン・換気装置等の導入、屋根等の遮熱・断熱工事（熱中症対策）	受付中（令和8年10月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市チャレンジ企業応援事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	賃上げ環境整備:上限100万円／賃上げ実施時（30円以上）:中小企業枠200万円・成長分野枠600万円・地域経済牽引枠3,000万円（50円以上の場合は300万/1,000万/5,000万円）	3分の2（正社員2割以上に30円以上の賃上げを実施済の場合）／3分の1（賃金単価引上げ環境整備のみの場合）	市内で3年以上継続事業を営む中小事業者。新事業展開事業・新製品/新サービス開発事業・生産性向上/業務効率化事業のいずれかに該当する取組	受付中（令和8年9月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市チャレンジ企業応援事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連） （公式）	賃上げ環境整備:上限100万円／賃上げ実施時（30円以上）:中小企業枠200万円・成長分野枠600万円・地域経済牽引枠3,000万円（50円以上の場合は300万/1,000万/5,000万円）	3分の2（正社員2割以上に30円以上の賃上げを実施済の場合）／3分の1（賃金単価引上げ環境整備のみの場合）	市内で3年以上継続事業を営む中小事業者。生産性向上・業務効率化事業（研究開発や設備投資等）	受付中（令和8年9月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市創業者成長支援補助金 （公式）	訪問客還元事業:上限50万円／その他の事業:上限25万円	訪問客還元事業:2分の1（その他の事業は率の明記なし）	長崎市内で創業予定または創業後5年未満の法人・個人で、「創業サポート長崎」の特定創業支援等事業を受け事業計画を作成した者。販路開拓・経営改善の取組	受付中（令和8年11月30日まで）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
長崎市イノベーション創出支援実証事業等推進費補助金 （公式）	民間事業者単独実施:上限50万円／民間事業者2者以上または民間事業者と大学等の協業:上限100万円	2分の1	市内に事務所・事業所を有する民間事業者。情報技術・環境・生命科学分野における新たなビジネスモデル創出	受付中（令和8年11月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課（誘致ものづくり支援係） 095-829-1273
令和8年度長崎市伴走型DX化支援費補助金 （公式）	上限50万円	2分の1	市内に本社を有し1年以上継続事業を営む中小企業者。DX基本計画策定支援・データ/デジタル技術活用の組織革新支援等、外部専門家による伴走型支援費用（システムや機器導入費は対象外）	受付中（令和8年9月30日まで、予算がなくなり次第終了）	経済産業部 新産業推進課 095-829-1273
先端設備等導入計画の認定に基づく固定資産税の特例（中小企業等経営強化法） （公式）	補助金ではなく固定資産税の軽減措置（対象設備の上限額の定めなし）	認定計画に基づく設備投資について、賃上げ表明の内容に応じて償却資産の固定資産税を軽減（1.5％以上の賃上げ表明：3年間2分の1／3.0％以上の賃上げ表明：5年間4分の1）	長崎市内の事業所で設備投資を行い、労働生産性向上を図る先端設備等導入計画の認定を受けた中小企業者	受付中（随時申請可、期限の定めなし）	経済産業部 新産業推進課 095-829-1273
令和8年度長崎県デジタル力向上支援事業費補助金 （公式）	100万円以内（1万円未満切捨）	3分の2以内	県内に主たる事業所等を置き創業後1年以上事業を営む中小企業・小規模事業者等（みなし大企業を除く）。デジタル人材育成、IT機器・デジタルツールの導入	受付中（対象経費は令和8年12月31日までに完了のものが対象。7月30日に募集期限を延長改定済）	長崎県 経営支援課 095-895-2529
長崎県AI活用力向上支援事業費補助金 （公式）	100万円以内（1万円未満切捨）	3分の2以内	県内に主たる事業所等を置き創業後1年以上事業を営む中小企業・小規模事業者等で、「長崎県デジタル力向上支援事業費補助金」等の活用実績がある者。AIツール・IT機器等の導入、人材育成	受付中（対象経費は令和8年12月31日までに完了のものが対象）	長崎県 新産業推進課 095-894-3186
ながさき造船サプライチェーン強靭化補助金 （公式）	上限3,000万円（下限1,500万円）	2分の1以内	造船関連産業に取り組む県内中小製造業企業の設備投資等（県内発注拡大計画の策定、「100億宣言」「パートナーシップ構築宣言」「Nぴか」認証取得が要件）	終了（令和8年8月21日で受付終了）	長崎県 企業振興課（基幹産業支援班） 095-895-2634
ながさき造船サプライチェーン強靭化補助金 （公式）	上限3,000万円（下限1,500万円）	2分の1以内	造船関連産業に取り組む県内中小製造業企業の設備投資等（生産性向上・付加価値額増加計画を含む）	終了（令和8年8月21日で受付終了）	長崎県 企業振興課（基幹産業支援班） 095-895-2634

長崎市の主要産業別 持続化補助金の使い方

長崎市の主要産業ごとに、販路開拓の取組を補助対象経費のどの区分に当てはめるかを整理しました。

長崎市の造船・製造業での使い方

長崎市の造船・製造業では、自社の技術力を新しい取引先へ伝える展示会等出展費の活用を検討できます。機械装置等費を計上する場合、単価50万円（税抜）以上の設備は処分制限財産となり、取得後5年間は処分に事務局の承認が必要です。老朽化した設備の単純な取替えのみは対象外のため、販路開拓との関係を明確にします。発注総額が50万円（税込）を超える場合は2者以上の見積りが必要です。発注・契約は交付決定を受けたあとに行います。

長崎市の観光での使い方

長崎市の観光関連の事業者は、新しい旅行客への発信として広報費やウェブサイト関連費の活用を検討できます。いずれも第20回は定額30万円（税込）が上限で、単独申請はできません。単なる会社PRや求人広告は対象外のため、販路開拓につながる具体的な内容であることを整理します。観光商談会への出展費もあわせて検討でき、複数の経費区分を組み合わせた計画にすると申請しやすくなります。

長崎市の水産加工での使い方

長崎市の水産加工では、新しい買い手に向けた加工品の試作やデザインを検討できます。新商品開発費は試作原材料やデザイン費が対象になり得ますが、使い切りが前提で、テストマーケティングや市場調査の内容・結果の記載が必須です。通常の販売用商品の仕入は対象外です。試作費と販売活動の経費を分け、商談会などで販売先を開拓する計画と結びつけます。

補助対象経費の8区分

補助対象になる経費は次の8区分です。この区分に当てはまらない経費は対象外です。

経費区分	要領の主な規定
①機械装置等費	補助事業の遂行に必要な機械装置等の購入に要する経費。単なる取替え更新は対象外。1件50万円（税込）超は2者以上の見積が必要
②広報費	パンフレット・ポスター・チラシ・インターネット広告・SNS広告等。補助金交付申請額の上限30万円（税込）。この経費のみでの申請は不可
③ウェブサイト関連費	ウェブサイト・ECサイト・システムの開発、構築、更新、改修、運用。補助金交付申請額の上限30万円（税込）。この経費のみでの申請は不可
④展示会等出展費	オンラインによる展示会・商談会等を含む
⑤旅費	国が定める旅費の支給基準を踏まえた基準により算出
⑥新商品開発費	原材料費を計上する場合は受払簿（任意様式）の作成が必要
⑦借料	補助事業に必要な機器・設備等のリース料、賃借料
⑧委託・外注費	ウェブサイト・システム開発等に係るものは③ウェブサイト関連費で計上

補助対象経費は、次の3つの条件をすべて満たすものに限られます。

1. 使用目的が本事業の遂行に必要なものと明確に特定できる経費
2. 交付決定日以降に発生し補助事業期間中に支払が完了した経費
3. 証憑資料等によって支払金額が確認できる経費

長崎市での申請のコツ

長崎市で申請するときに押さえておきたい実務のポイントです。

1. 様式4は長崎商工会議所で発行します。発行受付締切は2026年12月4日です。経営計画を準備し、早めに発行を依頼します。
2. 第20回の申請受付は2026年11月5日〜12月15日17時です。電子申請のみのため、入力と添付書類の確認を早めに進めます。
3. 電子申請に向けてGビズIDプライムを準備します。取得状況とログインを早めに確認し、経営計画や必要書類をそろえます。
4. 交付決定前の発注・契約・支出は対象外です。採択通知だけでは着手できません。見積りの準備と発注を分けて日程を組みます。

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