持続化補助金の補助率と上限｜最大250万円の条件
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
第20回の補助上限額と補助率は、公募要領のP.7からP.11にかけて定められています。基本となる枠に、2種類の特例による上乗せが加算される構造です。
持続化補助金の補助上限と補助率（第20回）
第20回の補助上限額と補助率は、公募要領のP.7からP.11にかけて定められています。基本となる枠に、2種類の特例による上乗せが加算される構造です。
| 区分 | 補助上限 | 補助率 |
|---|
| 基本 | 50万円 | 2/3 |
| 基本＋インボイス特例 | 100万円（50万円を上乗せ） | 2/3 |
| 基本＋賃金引上げ特例 | 200万円（150万円を上乗せ） | 2/3（赤字事業者は3/4） |
| 基本＋両方の特例 | 250万円（200万円を上乗せ） | 2/3（赤字事業者は3/4） |
補助率は原則として2/3で固定されており、これが3/4に上がるのは賃金引上げ特例を使う赤字事業者のケースに限られます（P.11）。つまり「インボイス特例を使うと補助率が上がる」という理解は誤りで、インボイス特例が変えるのは上限額だけです。
補助率2/3が意味すること
補助率2/3とは、対象経費のうち2/3が補助され、残りの1/3を自己負担するという意味です。したがって上限50万円を使い切るには、75万円の対象経費が必要になります。補助金は経費の総額を肩代わりする制度ではなく、自己負担が前提の制度である点をまず押さえてください。
なお補助金は精算払いです。経費はいったん全額を自社で支払い、実績報告の審査を経てから補助分が支払われます。上限額の議論とは別に、支出総額を賄う資金を用意しておく必要があります。制度全体の流れは持続化補助金2026完全ガイドで確認できます。
基本の50万円・補助率2/3をどう読むか
特例を使わない場合、第20回の補助上限は50万円、補助率は2/3です（P.7）。この2つの数字は、どちらか一方だけでは補助額が決まりません。実際に受け取れる額は、次の2つのうち小さいほうになります。
- 対象経費の合計に補助率2/3を掛けた額
- 補助上限額（基本であれば50万円）
たとえば対象経費が60万円であれば、2/3を掛けた40万円が補助額です。上限の50万円には届きません。一方、対象経費が120万円であれば2/3は80万円ですが、上限の50万円で頭打ちになります。この関係を表にすると次のようになります。
| 対象経費の合計（モデルケース） | 2/3を掛けた額 | 実際の補助額（上限50万円の場合） | 自己負担額 |
|---|
| 30万円 | 20万円 | 20万円 | 10万円 |
| 45万円 | 30万円 | 30万円 | 15万円 |
| 60万円 | 40万円 | 40万円 | 20万円 |
| 75万円 | 50万円 | 50万円 | 25万円 |
| 120万円 | 80万円 | 50万円（上限） | 70万円 |
上表は補助率と上限額の関係を示すためのモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
表の最終行が示すとおり、上限を超えて経費を積んでも補助額は増えません。基本枠で申請する場合、対象経費を75万円前後に設計するのが補助率を最も生かせる形になります。逆に、それを大きく超える投資を予定しているのであれば、特例の適用可否を検討する価値があります。
自己負担は1/3では終わらない
補助率2/3という数字だけを見ると自己負担は1/3に思えますが、実務ではそれ以外の支出も発生します。対象外の経費（消耗品、通信費、振込手数料など）は全額が自己負担です。また課税事業者の場合、消費税等は補助対象になりません。投資判断は補助額ではなく、対象外経費まで含めた支出総額で行ってください。対象外になる費目は対象外の経費にまとめています。
インボイス特例で上限が50万円上乗せされる条件
インボイス特例は、補助上限を50万円上乗せする特例です。補助率は変わらず2/3のままで、上限だけが50万円から100万円に上がります（P.8）。
| 要件 | 内容 |
|---|
| 基本要件 | 補助事業終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていること |
| 追加要件（いずれか） | ①2021年9月30日から2023年9月30日までの属する課税期間で、一度でも免税事業者であったこと |
| 追加要件（いずれか） | ②2023年10月1日以降に創業したこと |
| 除外 | 過去に通常枠のインボイス特例、またはインボイス枠で採択され事業を実施した事業者は対象外 |
要件の組み立ては、もともと免税事業者だった、あるいはインボイス制度の開始後に創業した事業者を想定したものです。制度開始前から課税事業者だった事業者は、この特例の対象になりません。
判定の基準時点は「補助事業終了時点」です
適格請求書発行事業者の登録は、申請時点ではなく補助事業終了時点で受けている必要があります（P.8）。申請時に未登録でも、補助事業が終わるまでに登録を済ませれば要件を満たす形です。逆に、登録の予定を立てたまま実行しなければ要件を欠くことになります。
必要になる追加書類
インボイス特例を使う場合、様式9（宣誓・同意書）と適格請求書発行事業者の登録通知書の写し等の提出が求められます（P.26〜31）。登録通知書は手元にない場合、再発行や確認に時間がかかることがあるため、申請準備の早い段階で所在を確認しておいてください。特例の要件と手続きはインボイス特例で詳しく扱っています。
賃金引上げ特例で上限が150万円上乗せされる条件
賃金引上げ特例は、補助上限を150万円上乗せする特例です。基本の50万円と合わせると上限200万円になります。加えて、赤字事業者に該当する場合は補助率が2/3から3/4に上がります（P.9〜11）。上乗せ幅が大きい分、要件も重くなっています。
| 項目 | 内容 |
|---|
| 賃上げの基準 | 従業員1人あたりの給与支給総額を年平均3.0%以上増加させること |
| 比較する期間 | 2027年4月1日から補助事業実施期限日（2028年3月31日）までの期間と、その前年同月の12か月を比較する |
| 従業員の定義 | 非常勤を含む。代表者・役員・専従者は除く（対象者要件の「常時使用する従業員」とは別基準） |
| 赤字事業者の扱い | 直近1期または直近1年の課税所得金額がゼロ以下の場合、補助率3/4に加えて赤字賃上げ加点（優先採択）の対象 |
| 必要書類 | 様式7（誓約・同意書）。赤字事業者は法人税申告書別表一・四の写しも提出 |
比較期間が2027年4月からの12か月である点に注目してください。第20回の採択発表は2027年3月頃の予定なので、採択された直後から賃上げの実行期間が始まる設計です。申請の段階で人件費の計画を固めておかないと、後追いでは対応が難しくなります。
3.0%と2.0%を混同しないでください
賃上げに関する数字は、制度の中に2つ登場します。上限を150万円上乗せする賃金引上げ特例は年平均3.0%以上の増加が要件です（P.9）。一方、政策加点の1つである賃金引上げ加点は年平均2.0%以上の賃上げ目標が基準で、こちらは上限額を増やすものではありません（P.32〜41）。数字が近いため取り違えやすい部分です。
従業員の定義が対象者要件と違う
賃金引上げ特例で計算に含める従業員は、非常勤を含み、代表者・役員・専従者を除いた範囲です（P.9）。これは小規模事業者かどうかを判定する「常時使用する従業員」とは別の基準で、後者は役員と同居の親族従業員を含めず、派遣社員も含めません。同じ「従業員」という語で範囲が異なるため、申請書の記載が矛盾しないよう注意してください。詳細は賃金引上げ特例と対象者の定義で確認できます。
最大250万円になる条件と、その現実味
上限が最大の250万円になるのは、インボイス特例と賃金引上げ特例の両方に該当する場合です。基本の50万円に、インボイス特例の50万円と賃金引上げ特例の150万円、合計200万円が上乗せされます（P.7）。
| 特例の適用 | 補助上限 | 補助率 | 上限まで受けるのに必要な対象経費（モデルケース） |
|---|
| なし | 50万円 | 2/3 | 75万円 |
| インボイス特例のみ | 100万円 | 2/3 | 150万円 |
| 賃金引上げ特例のみ（黒字） | 200万円 | 2/3 | 300万円 |
| 賃金引上げ特例のみ（赤字） | 200万円 | 3/4 | 約266.7万円 |
| 両方の特例（黒字） | 250万円 | 2/3 | 375万円 |
| 両方の特例（赤字） | 250万円 | 3/4 | 約333.4万円 |
必要経費の欄は補助上限額を補助率で割り戻したモデルケースの計算であり、採択や補助額を保証するものではありません。
この表が示す現実は明快です。上限250万円を受け取るには、375万円規模（赤字事業者の3/4適用でも約333万円）の対象経費が必要になります。小規模事業者にとって決して小さい投資ではなく、しかも精算払いのため全額をいったん立て替えることになります。上限額の大きさだけを見て計画を膨らませると、資金繰りのほうが先に行き詰まります。
上限を上げるより、確実に使い切る設計を
特例は上限の天井を上げるだけで、対象経費が少なければ補助額は増えません。まず自社にとって必要な取組と経費を積み上げ、その結果が基本の50万円枠を超えるかどうかで特例の検討に進む順序が、無理のない進め方です。
経費区分ごとに設けられた上限
全体の上限額とは別に、経費区分ごとの上限が定められている費目があります。第20回で特に注意が必要なのは、広報費とウェブサイト関連費です。
| 経費区分 | 第20回の上限 | その他の制約 |
|---|
| 広報費 | 補助金交付申請額の上限30万円（税込） | この区分のみの単独申請は不可。単なる会社PR・求人広告は対象外 |
| ウェブサイト関連費 | 補助金交付申請額の上限30万円（税込） | この区分のみの単独申請は不可。コンサル・アドバイス費用や電子書籍出版費は対象外 |
| 機械装置等費 | 区分固有の金額上限の定めはない | 単価50万円（税抜）以上は処分制限財産。発注総額50万円（税込）超は2者以上の見積が必要 |
| その他の区分 | 区分固有の金額上限の定めはない | 全体の補助上限額の範囲内 |
「交付申請額の1/4」という説明は第19回以前の情報です
第19回までは、広報費とウェブサイト関連費の上限が「補助金交付申請額の1/4（最大50万円）」という按分ルールでした。第20回ではこれが変更され、どちらも定額30万円（税込）という固定額になっています（P.13、P.14）。1/4ルールを前提にした解説を見かけた場合、それは第19回以前の情報です。第20回の計画には使えません。
この変更の影響は、大きな補助額を狙う計画ほど大きくなります。たとえば上限250万円の枠で申請しても、ウェブサイト関連費として計上できる補助金交付申請額は30万円までです。ホームページやシステムに大きく投資する計画では、残りを他の区分で組み立てる必要があります。
単独申請ができない区分がある
広報費とウェブサイト関連費は、その区分だけを計上した申請が認められていません（P.13、P.14）。ホームページの制作費だけで申請したい、チラシの印刷費だけで申請したい、という組み立ては成立しません。他の区分の取組と組み合わせて計画を作る必要があります。8区分の内容は対象経費一覧で確認してください。
特例の要件を満たせなかった場合に何が起きるか
特例による上乗せは、申請して採択された時点で確定するものではありません。公募要領は、特例上乗せが補助事業終了時点で要件を満たさないと交付されないとしたうえで、上乗せ部分だけでなく補助金全体が不交付になる場合があると明記しています（P.7〜11）。
| 想定される状況 | 起こりうること |
|---|
| インボイス特例で申請したが、補助事業終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていない | 上乗せ分が交付されない。場合によっては補助金全体が不交付 |
| 賃金引上げ特例で申請したが、年平均3.0%以上の賃上げを達成できなかった | 上乗せ分が交付されない。場合によっては補助金全体が不交付 |
| 交付決定通知前に発注・契約・支出をした | その経費は補助対象外（P.24〜26） |
| 見積書等を2028年2月29日までに提出しなかった | 採択が取り消される（P.24） |
| 実績報告書を2028年4月10日までに提出しなかった | 交付決定が取り消される（P.24〜26） |
賃金引上げ特例のリスクは特に注意が必要です。比較期間は2027年4月からの12か月で、その間の業績がどうであれ賃上げは実行しなければなりません。売上が計画どおりに伸びなかった場合でも人件費は固定的に増えるため、達成できる見込みが立つ範囲で判断してください。150万円の上乗せに引かれて無理な水準を約束すると、補助金全体を失うリスクを抱えることになります。
採択は補助金の受取を意味しません
採択の後に見積書等を提出し、審査を経て交付決定に至ります。交付決定は採択発表からおおむね1か月から2か月かかり（P.3、P.24）、補助対象になるのは交付決定日以降に発生して補助事業期間内に支払いが完了した経費だけです。日程の詳細は第20回のスケジュールを確認してください。
消費税の扱いと交付申請額の考え方
補助額を計算するうえで見落とされやすいのが消費税の扱いです。公募要領は、交付申請額について消費税等仕入控除税額を減額して申請すると定めています（P.24〜26）。
| 事業者の区分 | 消費税等の扱い |
|---|
| 課税事業者（本則課税） | 消費税等は補助対象外 |
| 免税事業者 | 補助対象となり得る |
| 簡易課税を選択している事業者 | 補助対象となり得る |
| 2割特例を適用している事業者 | 補助対象となり得る |
課税事業者の場合、支払った消費税は仕入税額控除で取り戻せるため、補助の対象から外れます。したがって100万円（税込110万円）の設備を導入する場合、補助の計算に乗るのは税抜の100万円です。免税事業者や簡易課税、2割特例を適用している事業者は、控除できない消費税等が補助対象となり得ます。
一方、広報費とウェブサイト関連費の上限30万円は「税込」で示されている点に注意してください（P.13、P.14）。全体の補助額の計算では税抜で考え、この2区分の上限判定は税込で行うという、単位の異なるルールが同居しています。見積を作る段階で、どちらの基準で話しているのかを取引先とも共有しておくと混乱がありません。
補助額を試算するときの手順
- 計上する取組を8区分のどれに当てはめるか決める
- 各区分の金額を積み上げ、広報費とウェブサイト関連費が30万円（税込）の範囲に収まるか確認する
- 課税事業者であれば消費税等を除いた額で対象経費の合計を出す
- 合計に補助率（2/3、赤字事業者の賃金引上げ特例適用時は3/4）を掛ける
- その額と補助上限額を比べ、小さいほうが補助額の見込みになる
この手順で試算した額が、自社にとって投資判断に足るかどうかを確認します。経費区分の当てはめに迷う場合は経費区分の間違いが参考になります。
加点項目は上限額を増やさないが、採択を左右する
補助上限額を変えるのは2つの特例だけですが、審査の場面では加点項目が結果を左右します。加点は金額を増やすものではなく、採択の順位に影響するものだという役割の違いを押さえておいてください。第20回では重点政策加点が5種類、政策加点が11種類用意されています（P.32〜41）。
| 種別 | 項目 |
|---|
| 重点政策加点 | 赤字賃上げ加点（賃金引上げ特例の赤字事業者に自動適用） |
| 重点政策加点 | 事業環境変化加点（原油・LPガス高騰、米国相互関税等の影響） |
| 重点政策加点 | 東日本大震災加点（福島県12市町村所在、または太平洋沿岸部の水産仲買・加工業者） |
| 重点政策加点 | くるみん・えるぼし加点（次世代法・女性活躍推進法の認定事業者） |
| 重点政策加点 | 健康経営優良法人加点（GビズID連携情報で自動判定） |
| 政策加点 | 賃金引上げ加点（年平均2.0%以上の賃上げ目標） |
| 政策加点 | 地方創生型加点（地域資源型・地域コミュニティ型） |
| 政策加点 | 経営力向上計画加点（基準日までの認定が必要） |
| 政策加点 | 事業承継加点（代表者が満60歳以上で後継者候補が中心的に実施。様式10が必要） |
| 政策加点 | 過疎地域加点 |
| 政策加点 | 一般事業主行動計画策定加点（従業員100人以下で所定のデータベースに公表） |
| 政策加点 | 後継者支援加点（アトツギ甲子園のファイナリスト・準ファイナリスト） |
| 政策加点 | 小規模事業者卒業加点（商業・サービス業6人以上、宿泊娯楽・製造業その他21人以上への拡大） |
| 政策加点 | 事業継続力強化計画策定加点 |
| 政策加点 | 令和6年能登半島地震等に伴う加点（石川・富山・新潟・福井県の直接被害・間接被害） |
| 政策加点 | 地域別最低賃金引上げ加点 |
選べるのは合計2種類までです
加点は重点政策加点と政策加点からそれぞれ最大1種類ずつ、合計2種類まで選択できます。3種類以上を選ぶと加点の対象外になります（P.32〜41）。該当しそうな項目が多いほど迷いますが、増やせば有利になるわけではありません。証憑書類をそろえられるものから2つに絞ってください。
加点ごとに個別の証憑書類が必要になります。経営力向上計画加点のように基準日までの認定が前提になるものは、思い立ってから間に合わないことがあるため、日程との兼ね合いで早めに判断してください。項目ごとの要件は加点項目、審査の観点は審査基準で整理しています。
補助率・上限でよくある誤解
補助上限と補助率については、古い情報や他制度との混同による誤解が目立ちます。第20回の公募要領にもとづいて整理しておきます。
| よくある理解 | 第20回の実際 |
|---|
| 上限250万円がもらえる制度 | 基本は50万円。2つの特例に該当してはじめて250万円が上限になる（P.7） |
| インボイス特例を使うと補助率が上がる | 上がるのは上限額だけ。補助率が3/4になるのは賃金引上げ特例を使う赤字事業者のみ（P.8、P.11） |
| ウェブサイト関連費は交付申請額の1/4まで | 第20回は定額30万円（税込）が上限。1/4は第19回以前のルール（P.13、P.14） |
| 上限額いっぱいの経費を計上すれば上限額が補助される | 補助額は対象経費に補助率を掛けた額と上限額の小さいほう。上限50万円なら75万円の対象経費が必要 |
| 採択されれば補助額が確定する | 採択後に見積書等を提出し交付決定を受ける。特例の上乗せは補助事業終了時点の要件充足が条件（P.7〜11、P.24） |
| 消費税も含めて補助される | 課税事業者は消費税等が補助対象外（P.24〜26） |
とりわけ3行目は、2026年時点でも古い解説が残っている論点です。第19回までの「交付申請額の1/4（最大50万円）」というルールを前提に計画を立てると、ウェブサイト関連費に想定より少ない額しか計上できないことが後から判明します。金額のルールは回ごとに変わりうるため、第20回の公募要領第8版で確認してください。
計画を立てる順番
- まず取り組みたい内容を決め、8区分のどれに当たるか整理する
- 広報費・ウェブサイト関連費が30万円（税込）の枠に収まるか確認する
- 対象経費の合計が基本枠の75万円を超えるなら、特例の該当可否を検討する
- 特例を使う場合は、補助事業終了時点で要件を満たせるかを先に判断する
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は第20回公募 公募要領 第8版の内容にもとづいています。金額・補助率・要件は変更される場合があります。最新情報は各公式サイトでご確認ください。本記事の試算はモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
