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自治体の補助金との違い|持続化補助金とどちらが使えるか

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自治体の小規模事業者向け補助金との違い

この記事の結論

小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回は補助上限50万円・補助率2/3で、販路開拓等の取組にかかる8区分の経費が対象です。自治体の小規模事業者向け補助金とは対象者・対象経費・補助上限が異なります。同一経費への重複申請はできません。

小規模事業者持続化補助金は国(中小企業庁)が実施する全国共通の制度で、商工会・商工会議所の支援を受けながら申請します。これに対し、都道府県や市区町村が独自に実施する小規模事業者向け補助金は、対象地域・対象者・補助率・補助上限額・対象経費のいずれも自治体ごとに内容が異なり、全国一律のルールはありません。家賃補助や設備導入補助など、持続化補助金の対象経費に含まれない独自の区分を設けている自治体もあります。自治体独自の補助金の有無や条件は各自治体の公式サイトで確認する必要があります。以下では実施主体・対象者・補助率・申請窓口について、国の制度と自治体の制度で一般的にどう違うかを整理します。

小規模事業者持続化補助金と自治体の小規模事業者向け補助金の比較表

項目小規模事業者持続化補助金自治体の小規模事業者向け補助金
実施主体国(中小企業庁)。窓口は商工会・商工会議所各都道府県・市区町村(実施の有無・内容は自治体により異なる)
対象地域全国(日本国内に所在する小規模事業者)各自治体の管轄区域内で事業を営む事業者に限定されるのが一般的
対象者商業・サービス業は常時使用する従業員5人以下等の小規模事業者要件自治体ごとに独自の要件(従業員数・業種等)を定めている場合が多い
補助率・補助上限額2/3、上限50万円(インボイス特例・賃金引上げ特例の上乗せで最大250万円)自治体により異なる(各自治体の公式サイトで確認)
対象経費機械装置等費・広報費・ウェブサイト関連費など8区分自治体により異なる(家賃補助・設備導入補助等、独自の区分を設けている場合がある)
申請窓口商工会・商工会議所(事業支援計画書=様式4が必要)各自治体の商工担当課・産業振興課等(自治体により異なる)
受付時期2026年11月5日〜2026年12月15日(第20回、年数回の公募)自治体により異なる(通年受付・予算上限に達し次第終了等さまざま)
電子申請専用の電子申請システム自治体により異なる(郵送・窓口持参の場合もある)

小規模事業者持続化補助金の数値の出典:公募要領 第8版(2026年7月21日)。比較先の値は公式サイトで確認できたものだけを記載しています。記載が「公式サイトで確認」となっている項目は、各制度の公募要領でご確認ください。

どちらを選ぶか

小規模事業者持続化補助金が向くケース

  • 全国共通のルールで、上限50万円(上乗せで最大250万円)の販路開拓・業務効率化に取り組みたい場合
  • 商工会・商工会議所のサポートを受けながら申請したい場合
  • 機械装置等費・広報費・ウェブサイト関連費など8区分の対象経費に該当する取り組みを行いたい場合

自治体の小規模事業者向け補助金が向くケース

  • 持続化補助金の対象経費に含まれない家賃補助・設備導入補助など、自治体独自の支援を受けたい場合
  • 地域内の事業者を対象とした、より小回りの利く制度を探したい場合
  • 自治体の予算・受付時期に合わせて申請したい場合(詳細は各自治体の公式サイトで確認)
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併用・重複申請の可否

国の持続化補助金と自治体独自の補助金は、実施主体(国と自治体)が異なるため、原則としてそれぞれ独立した制度です。ただし対象経費が同一・類似の内容で重複する場合は、国の他の補助金・助成金との重複を禁じる公募要領の規定(第19回FAQ Q3-5、参考情報)に照らして扱いが問題になる可能性があります。自治体独自の補助金との併用可否は自治体ごとに定めが異なるため、申請前に両方の窓口(商工会・商工会議所、自治体の担当課)に確認してください。

同一経費への重複はできません

同じ経費に対して複数の補助金を重ねて受け取ることはできません。小規模事業者持続化補助金<創業型>との重複申請はできません(同時に申請できません)。

小規模事業者持続化補助金の基本情報

項目内容
制度名小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回
補助上限(通常枠)50万円
補助率2/3(賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下の事業者は3/4)
特例による上乗せインボイス特例50万円/賃金引上げ特例150万円/両方で200万円(最大250万円)
補助対象経費①機械装置等費・②広報費・③ウェブサイト関連費・④展示会等出展費・⑤旅費・⑥新商品開発費・⑦借料・⑧委託・外注費
申請受付2026年11月5日(木) から 2026年12月15日(火)17:00
様式4 発行受付締切2026年12月4日(金)
申請方法電子申請(GビズIDプライムが必要)
事務局日本商工会議所(商工会議所地区)/全国商工会連合会(商工会地区)

出典:公募要領 第8版(2026年7月21日)

申請の全体像や業種別の使い方は、あわせてお読みください。

よくある質問(FAQ)

A制度上は国と自治体それぞれ別の実施主体のため、原則として別制度です。ただし同一・類似の経費で重複する場合の扱いは自治体ごとに定めが異なるため、申請前に商工会・商工会議所と自治体の担当課の両方に確認してください。
A各都道府県・市区町村の商工担当課・産業振興課のホームページで案内されているのが一般的です。実施の有無や内容は自治体により大きく異なります。
A異なります。自治体独自の補助金は自治体ごとに補助率・上限額・対象経費を独自に定めており、持続化補助金(補助率2/3、上限50万円〜最大250万円)とは別基準です。詳細は各自治体の公式サイトで確認してください。
A持続化補助金では商工会・商工会議所発行の事業支援計画書(様式4)が必須ですが、自治体独自の補助金で同様の書類が必要かどうかは自治体ごとに異なります。各自治体の募集要領で確認してください。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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