持続化補助金の賃金引上げ特例2026｜要件と150万円上乗せ

賃金引上げ特例とは（150万円上乗せの位置づけ）

小規模事業者持続化補助金の一般型 通常枠は、基本の補助上限が50万円、補助率が2/3です。この基本枠に対して、条件を満たす事業者だけが上限額を積み増せる仕組みが「特例」で、第20回では賃金引上げ特例とインボイス特例の2種類が用意されています（公募要領第8版 P.7〜11）。

賃金引上げ特例は、この2つのうち上乗せ幅が大きいほうです。単独で150万円、インボイス特例と併用すると合計200万円が上乗せされ、補助上限は最大250万円になります。補助率は原則2/3のままですが、賃金引上げ特例に該当する事業者のうち赤字事業者に限り、補助率が3/4に引き上げられます。

区分	補助上限	補助率
基本（特例なし）	50万円	2/3
インボイス特例のみ	100万円（50万円＋50万円）	2/3
賃金引上げ特例のみ	200万円（50万円＋150万円）	2/3（赤字事業者は3/4）
賃金引上げ特例＋インボイス特例	250万円（50万円＋150万円＋50万円）	2/3（赤字事業者は3/4）

金額が大きいぶん、背負う約束も重くなります。特例は「申請時に希望すれば自動的に上限が上がる」ものではなく、補助事業が終わった時点で賃上げが実現できているかどうかを確認されたうえで交付が決まる仕組みです。上限額の一覧と補助率の考え方そのものは補助率と上限額の記事で全体像を整理しています。

賃金引上げ特例の要件を分解する

公募要領P.9〜11に書かれた要件を、実務で確認しやすい形に分解すると次のようになります。

確認する項目	第20回での内容
比較する期間	2027年4月1日から補助事業実施期限日（2028年3月31日）までの期間
比較の相手	その前年同月にあたる12か月
比べるもの	従業員1人あたりの給与支給総額
必要な伸び	年平均3.0%以上の増加
判定のタイミング	補助事業終了時点で要件を満たしていること
上乗せ額	150万円
赤字事業者の扱い	補助率が3/4に上がり、赤字賃上げ加点の対象になる

比較期間は2027年度の1年間になる

第20回で見落とされやすいのが、比較期間の開始が2027年4月1日だという点です。申請するのは2026年11月から12月ですが、賃上げの実績として見られるのはその翌年度の1年間です。つまり、申請の時点では約束を立てる段階で、実績は1年以上先に確定します。この時間差があるため、申請時に「いまの人件費のままでも達成できるか」を机上で確かめておくことが欠かせません。

また、補助事業実施期間そのもの（交付決定日から2028年3月31日まで）と、賃上げの比較期間（2027年4月1日から2028年3月31日まで）は始まりが一致しないことがあります。交付決定は採択発表からおおむね1か月から2か月かかるため、2027年の春から初夏に交付決定を受けるケースが想定されます（P.3、P.24）。日程全体は第20回のスケジュール記事で確認してください。

1人あたりの給与支給総額という物差し

要件は「給与支給総額の合計」ではなく「従業員1人あたりの給与支給総額」で見ます。したがって、賃上げをせずに従業員数だけを増やしても要件は満たせません。逆に、人数が減った結果として1人あたりの金額が上がるようなケースでは、その数字がどう評価されるかは個別の確認が必要になります。人数の増減が見込まれる事業者は、特例を選ぶ前に商工会または商工会議所の窓口で相談しておくのが安全です。

従業員の数え方が2種類あることに注意する

この補助金でいちばん混乱しやすいのが、「従業員」という言葉が場面によって別の意味で使われている点です。公募要領は、申請できるかどうかを判定する場面（P.4）と、賃金引上げ特例や賃上げ加点を判定する場面（P.9）とで、別の定義を置いています。

場面	呼び方	含むもの	含まないもの
小規模事業者に当たるかの判定（P.4）	常時使用する従業員	パートタイム労働者	会社役員、同居の親族従業員、日雇い、2か月以内の期間雇用、季節業務で4か月以内の者、試用期間中の者、派遣社員
賃金引上げ特例・賃上げ加点の判定（P.9）	従業員	非常勤の従業員	代表者、役員、専従者

たとえば、非常勤のスタッフしかいない事業者は、申請要件の側では従業員数の判定に一部が含まれない一方、賃金引上げ特例の側では非常勤も含めて数えることになります。同じ事業所を見ているのに、数えた結果の人数が一致しないことは珍しくありません。申請書類を作るときは、どちらの定義で何人と書いているのかを、欄ごとに区別して記録しておいてください。

なお、そもそも小規模事業者の定義に当てはまるかどうかは、業種によって上限人数が異なります。商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）は5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他は20人以下です（P.4）。この判定の詳細は対象者の記事にまとめています。

赤字事業者は補助率3/4と赤字賃上げ加点の対象になる

賃金引上げ特例に該当する事業者のうち、直近1期または直近1年の課税所得金額がゼロ以下である赤字事業者は、さらに2つの優遇を受けられます（P.9〜11、P.32〜41）。

優遇の内容	効果	必要なこと
補助率の引き上げ	2/3が3/4になる	賃金引上げ特例に該当し、かつ直近1期または直近1年の課税所得金額がゼロ以下であること
赤字賃上げ加点（重点政策加点）	審査で加点され、優先的に採択の対象となる	賃金引上げ特例の赤字事業者に適用される

補助率が3/4になると、同じ補助上限額でも必要な自己負担が変わります。上限250万円を使い切る場合、補助率2/3なら対象経費375万円が必要ですが、3/4なら約333万円で足ります。負担割合は1/3から1/4へ下がるため、同額の投資であれば手元から出る金額が小さくなります。

赤字賃上げ加点は【重点政策加点】に分類される加点です。加点は【重点政策加点】と【政策加点】からそれぞれ最大1種類ずつ、合計2種類までしか選べません。3種類以上を選ぶと加点の対象外になってしまうため、赤字賃上げ加点を使う場合は、重点政策加点の枠をこれで使い切る前提で他の加点を組み立てます（P.32〜41）。加点の一覧と組み合わせ方は加点項目の記事で整理しています。

赤字事業者は追加書類が必要

赤字であることを示すため、賃金引上げ特例の様式7（誓約・同意書）に加えて、法人税申告書の別表一および別表四の写しの提出が求められます（P.26〜31）。決算書がそろっていないと提出できないため、申請直前にあわてないよう、税務申告の控えの所在を早めに確認しておいてください。

上限額と必要経費の関係（モデルケースで確認する）

補助上限額は「これだけもらえる額」ではなく「これ以上はもらえない額」です。実際に受け取る額は、対象経費に補助率を掛けた金額と上限額のいずれか小さいほうになります。上限を使い切るために必要な対象経費の総額を、補助率別に整理すると次のとおりです。いずれもモデルケースの計算であり、採択や補助額を保証するものではありません。

組み合わせ	補助上限	補助率	上限まで使う場合の対象経費	自己負担の目安
特例なし	50万円	2/3	75万円	25万円
賃金引上げ特例のみ	200万円	2/3	300万円	100万円
賃金引上げ特例のみ（赤字事業者）	200万円	3/4	約266.7万円	約66.7万円
賃金引上げ特例＋インボイス特例	250万円	2/3	375万円	125万円
賃金引上げ特例＋インボイス特例（赤字事業者）	250万円	3/4	約333.3万円	約83.3万円

ここで現実的な制約になるのが、経費区分ごとの上限です。第20回では広報費とウェブサイト関連費に、それぞれ補助金交付申請額の上限として定額30万円（税込）が設定されました（P.13、P.14）。第19回までの「交付申請額の1/4」という按分ルールは第20回には当てはまらないので、古い解説を参考に組み立てないでください。

つまり、上限250万円を目指すには、広報費とウェブサイト関連費だけでは到底届かず、機械装置等費や委託・外注費など単価の大きい区分を軸に計画を組む必要があります。区分ごとの範囲は対象経費一覧の記事を、対象外になりやすい費用は対象外経費の記事を参照してください。

賃金引上げ特例と賃金引上げ加点は別物

名前が似ているため取り違えられやすいのが、「賃金引上げ特例」と「賃金引上げ加点」です。特例は補助上限額を増やす仕組み、加点は審査で評価を上げる仕組みで、求められる賃上げ率も異なります（P.9〜11、P.32〜41）。

項目	賃金引上げ特例	賃金引上げ加点（政策加点）
目的	補助上限額の上乗せ	審査での加点
賃上げの水準	年平均3.0%以上	年平均2.0%以上
効果	上限が150万円増える	採択審査で評価が上がる
補助率への影響	赤字事業者は3/4になる	影響しない
未達のときの影響	上乗せ分が交付されない。補助金全体が不交付になる場合もある	公募要領の当該箇所で確認が必要

賃上げに関係する加点はこのほかにもあります。【重点政策加点】の赤字賃上げ加点は前述のとおり賃金引上げ特例の赤字事業者に適用され、【政策加点】には地域別最低賃金引上げ加点も用意されています。いずれも重点政策加点から1種類、政策加点から1種類という上限の中で選ぶことになります。

選び方の考え方

3.0%の賃上げを確実に実行できるなら、上限を150万円押し上げる特例のほうが金額のインパクトは大きくなります。一方で、賃上げの余力が2.0%程度にとどまる、あるいは1年先の人件費が読みにくいという場合は、特例を選ばずに加点で評価を狙うという判断もあり得ます。特例は未達のときの影響が重いので、無理に高い目標を掲げるより、達成できる水準を選ぶほうが結果として損をしません。

提出書類と申請手続き

賃金引上げ特例を使う場合、通常の必須書類に加えて特例専用の書類が必要になります（P.26〜31）。

書類	内容	提出が必要な人
様式1（申請書）／様式2（経営計画兼補助事業計画①）／様式3（補助事業計画②）／様式5（補助金交付申請書）／様式6（宣誓・同意書）	電子申請システムに直接入力する。添付は不要	全員
様式4（事業支援計画書）	商工会・商工会議所が発行する	全員
様式7（誓約・同意書）	賃金引上げ特例に関する誓約と同意	賃金引上げ特例を使う人
法人税申告書 別表一・別表四の写し	課税所得金額がゼロ以下であることの確認	賃金引上げ特例の赤字事業者
貸借対照表・損益計算書（直近1期）	法人の決算書類	法人
直近の確定申告書一式	個人事業主の決算書類。決算未経験の場合は開業届と売上台帳	個人事業主
様式9と適格請求書発行事業者登録通知書の写し等	インボイス特例の書類	インボイス特例も併用する人

申請方法は電子申請システムのみで、郵送は一切受け付けられません（P.3）。電子申請にはGビズID（プライムまたはメンバー）が必要で、暫定IDは使えません。取得に数週間かかることがあるため、特例を使うかどうかを迷っている段階でもIDの取得だけは先に進めておくと安全です。手順はGビズIDと電子申請の記事にまとめています。

なお、第20回の申請先URLは公募要領P.23の時点で「現在調整中」と明記されています。既存のポータルを第20回の申請窓口だと決めつけず、受付開始前に公式サイトで最新の案内を確認してください。

要件を満たせなかった場合に何が起きるか

賃金引上げ特例を検討するうえで、いちばん重要なのがこの点です。公募要領は、特例の上乗せについて「補助事業終了時点で要件を満たさないと交付されない」と定めており、さらに「上乗せ部分だけでなく全体が不交付になる場合がある」と明記しています（P.7〜11）。

実務としては、次の3つを申請前に確認しておくことが現実的な防御になります。

確認すること	具体的な進め方
比較期間の人件費を試算する	2026年4月から2027年3月までの給与支給総額と従業員数を集計し、2027年4月以降に必要な水準を数字で出す
人員の増減見込みを織り込む	採用予定や退職予定がある場合、1人あたりの金額がどう動くかを両方の想定で計算する
窓口に事前相談する	従業員の数え方や自社の状況での判定を、商工会または商工会議所に確認してから様式7に署名する

補助金は精算払いです。交付決定を受けて事業を実施し、実績報告を提出して補助金額が確定してから請求と入金という順番になります（P.24〜26）。支払いはいったん自己資金または借入で立て替えることになるため、上乗せ分をあてにした資金計画は避けてください。入金までの流れは精算払いの記事で解説しています。

補助事業のあとに続く報告義務

賃金引上げ特例を使うと、補助事業が終わったあとの報告も重くなります。通常の一般型 通常枠でも、補助事業終了の1年後に「事業効果等状況報告」を提出する義務がありますが、賃上げに関する報告はこの報告書の中で扱われます。様式第14は「事業効果および賃金引上げ等状況報告書」という名称で、賃上げの状況もあわせて報告する書式になっています（P.5、P.24〜26）。

時期	やること	期限（第20回受付締切分）
採択後	全計上経費の見積書等を提出する	2028年2月29日
交付決定後	補助事業を実施する。交付決定日より前の発注・契約・支出は対象外	2028年3月31日まで
事業終了後	実績報告書を提出し、補助金額の確定を受けて請求する	2028年4月10日
事業終了の1年後	事業効果および賃金引上げ等状況報告書（様式第14）を提出する	提出時期は公式の案内に従う

この報告書が未提出だと、次回以降の申請ができなくなります。公募要領P.5は、過去に一般型通常枠（第1回から第16回の一般型を含む）、コロナ特別対応型、低感染リスク型ビジネス枠、創業型で採択されて事業を実施した事業者のうち、様式第14が未提出の者を補助対象外と定めています。提出済みであっても、事業実施期間終了月の翌月から1年が経過していなければ再申請できません。

また、補助金は事業年度の収益として計上され、課税の対象になります。単価50万円以上の機械装置等や、50万円以上のウェブサイト・システム、店舗改装等は処分制限財産にあたり、通常は取得日から5年間、処分に事務局の承認が必要です。関係書類は事業終了後5年間の保存義務があります（P.24〜26）。報告と保存まで含めて1つの事業だと考えてください。詳細は事業効果報告の記事で整理しています。

第20回で特例を使う場合の逆算スケジュール

第20回の日程は公募要領P.3に記載があり、商工会地区の公式サイトの申請ページでも同じ内容が案内されています。賃金引上げ特例を使うかどうかは様式7の提出の有無に直結するため、様式4の発行依頼より前に決めておく必要があります。

時期	項目	特例を使う場合に追加でやること
2026年5月27日	公募要領公開	P.9〜11の要件を読み、比較期間の人件費を試算する
受付開始前	GビズID（プライムまたはメンバー）の取得	取得に数週間かかる場合があるため早めに着手する
2026年11月5日	申請受付開始	様式7を準備する。赤字事業者は別表一・四の写しを用意する
2026年12月4日	事業支援計画書（様式4）発行の受付締切	面談までに賃上げの方針を説明できる状態にしておく
2026年12月15日 17:00	申請受付締切	特例関係の添付漏れがないか最終確認する
2027年3月頃	採択発表予定	採択通知だけでは着手できない点に注意する
2027年4月1日	賃上げの比較期間の開始	この日から12か月の給与支給総額が判定対象になる
2028年3月31日	補助事業実施期限・比較期間の終了	要件の達成状況を確定させる

様式4の発行受付締切である12月4日を過ぎると、いかなる理由があっても発行を受けられません（P.22〜23）。申請締切の11日前に実質的な期限が来ることになるので、賃上げの可否判断で迷う時間はそれほど長くありません。様式4の手順は様式4の記事で詳しく扱っています。

なお、同一事業者が同一の受付締切回に応募できるのは1件だけです。代表者が同じ複数法人での重複申請、個人事業主と兼務する法人での重複申請、複数屋号での重複応募はいずれも認められず、発覚した場合は遡って不採択または採択取消になります（P.22〜23）。

出典・参考情報

• 全国商工会連合会ほか「小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領 第8版」（2026年7月21日公開・2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「公式サイト」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「申請について」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会議所地区）「公式サイト」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「第19回 通常枠 よくあるご質問」（2026年3月26日更新・2026年9月11日閲覧。第20回のFAQは本記事作成時点で未公開のため参考情報として参照）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「補助金の不正受給等の不正行為に対する処分」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は第20回公募 公募要領 第8版の内容にもとづいています。日程・要件・金額は変更される場合があります。最新情報は必ず各公式サイトでご確認ください。本記事の計算例はモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。