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事業承継・M&A補助金との違い|持続化補助金とどちらが使えるか

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事業承継・M&A補助金との違い

この記事の結論

小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回は補助上限50万円・補助率2/3で、販路開拓等の取組にかかる8区分の経費が対象です。事業承継・M&A補助金とは対象者・対象経費・補助上限が異なります。同一経費への重複申請はできません。

小規模事業者持続化補助金は、商工会・商工会議所の支援を受けながら経営計画に基づく販路開拓や業務効率化の取り組みを支援する制度です。一方、事業承継・M&A補助金は後継者への引継ぎやM&A、統合後のPMI、廃業といった事業承継に関わる取り組みを支援する制度で、対象となる経費や審査の観点が大きく異なります。どちらも中小企業庁が所管する補助金ですが、持続化補助金は日々の営業活動の強化に焦点があり、事業承継・M&A補助金は事業の引継ぎそのものに焦点があります。承継を控えた小規模事業者が、承継前の販路開拓には持続化補助金を、承継そのものや専門家費用には事業承継・M&A補助金を、と場面によって使い分けるケースもあります。以下では対象者・補助率・上限額・申請窓口の違いを整理します。

小規模事業者持続化補助金と事業承継・M&A補助金の比較表

項目小規模事業者持続化補助金事業承継・M&A補助金
制度の目的販路開拓・業務効率化など小規模事業者の営業活動の取り組みを支援後継者への引継ぎ・M&A・PMI・廃業など事業承継に関わる取り組みを支援
対象者商業・サービス業は常時使用する従業員5人以下等の小規模事業者事業承継・M&Aを予定または実施する中小企業者等(枠により要件が異なる)
補助率2/3(賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4)1/2〜2/3(枠・類型により異なる)
補助上限額50万円(インボイス特例・賃金引上げ特例の上乗せで最大250万円)150万円〜2,000万円(枠・類型により異なる)
補助下限額公募要領に下限額の記載はありません50万円〜100万円(枠により異なる、小規模売り手支援類型は下限なし)
受付期間(直近回)2026年11月5日(木)〜2026年12月15日(火)17:00(第20回公募)2026年10月2日(金)〜2026年11月6日(金)17:00(16次公募)
申請前の確認書類商工会・商工会議所発行の事業支援計画書(様式4)認定経営革新等支援機関による確認書
電子申請専用の電子申請システム(Jグランツではありません)Jグランツ(GビズIDプライムアカウントが必須)
主な対象経費機械装置等費・広報費・ウェブサイト関連費・展示会等出展費・旅費・新商品開発費・借料・委託外注費の8区分謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料等(枠による)
賃上げ未達時のペナルティ未達報告から18か月間、事業承継・M&A補助金を含む中小企業庁所管補助金で大幅減点未達報告から18か月間、小規模事業者持続化補助金を含む中小企業庁所管補助金で大幅減点

小規模事業者持続化補助金の数値の出典:公募要領 第8版(2026年7月21日)。比較先の値は公式サイトで確認できたものだけを記載しています。記載が「公式サイトで確認」となっている項目は、各制度の公募要領でご確認ください。

どちらを選ぶか

小規模事業者持続化補助金が向くケース

  • チラシ作成や展示会出展など、日常的な販路開拓に取り組みたい場合
  • ウェブサイトの新設・改修や店舗の改装など、比較的小規模な投資を行いたい場合
  • 商工会・商工会議所に相談しながら経営計画を作りたい小規模事業者の場合
  • 承継前の段階で、まず販路開拓や業務効率化に取り組みたい場合

事業承継・M&A補助金が向くケース

  • 後継者への引継ぎやM&Aそのものにかかる専門家費用(FA・仲介・DD等)を賄いたい場合
  • M&A後の統合作業(PMI)で設備やシステムを統合する投資を行う場合
  • M&Aで事業を譲り渡せず廃業する、または承継に伴い一部事業を廃業する場合
  • 認定経営革新等支援機関の確認を受けながら承継計画を進めたい場合
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併用・重複申請の可否

両制度とも、国の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外です。持続化補助金の公募要領でも同一事業者・同一内容での他の国補助事業との併用はできないとされています(第19回FAQ Q3-5、参考情報)。ただし対象経費の区分が異なれば(例:承継前の販路開拓は持続化補助金、承継そのものや専門家費用は事業承継・M&A補助金)別の取り組みとして両制度を使い分けることは可能です。詳細は各公募要領・事務局へ確認してください。

同一経費への重複はできません

同じ経費に対して複数の補助金を重ねて受け取ることはできません。小規模事業者持続化補助金<創業型>との重複申請はできません(同時に申請できません)。

小規模事業者持続化補助金の基本情報

項目内容
制度名小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回
補助上限(通常枠)50万円
補助率2/3(賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下の事業者は3/4)
特例による上乗せインボイス特例50万円/賃金引上げ特例150万円/両方で200万円(最大250万円)
補助対象経費①機械装置等費・②広報費・③ウェブサイト関連費・④展示会等出展費・⑤旅費・⑥新商品開発費・⑦借料・⑧委託・外注費
申請受付2026年11月5日(木) から 2026年12月15日(火)17:00
様式4 発行受付締切2026年12月4日(金)
申請方法電子申請(GビズIDプライムが必要)
事務局日本商工会議所(商工会議所地区)/全国商工会連合会(商工会地区)

出典:公募要領 第8版(2026年7月21日)

申請の全体像や業種別の使い方は、あわせてお読みください。

よくある質問(FAQ)

A取り組みの内容で判断します。チラシ作成や展示会出展、ウェブサイト改修など日常の販路開拓・業務効率化の取り組みは持続化補助金、後継者への引継ぎやM&Aにかかる専門家費用は事業承継・M&A補助金が対象です。両方に該当する取り組みがある場合は、経費の区分ごとにどちらの制度が対象かを事務局や窓口に確認してください。
Aできません。両制度とも、国の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外とされています。同じ経費で二重に申請すると、交付決定後に判明した場合でも取消しの対象になります。
A使えません。持続化補助金は商工会・商工会議所が発行する事業支援計画書(様式4)が必要ですが、事業承継・M&A補助金は認定経営革新等支援機関(税理士・中小企業診断士等)による確認書が必要で、窓口の仕組みが異なります。
Aあります。持続化補助金の賃金引上げ特例は、従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0%以上増加させることで補助率が引き上がり(赤字事業者は3/4)、上乗せにより上限額が最大250万円になります。事業承継・M&A補助金の事業承継促進枠・PMI推進枠(事業統合投資類型)にも、賃上げ達成で上限額が800万円から1,000万円に引き上がる仕組みがあります。それぞれ条件が異なるため、公募要領で確認してください。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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