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農業の持続化補助金2026|系統出荷のみの個人農業者は対象外

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農業の小規模事業者持続化補助金 第20回ガイド

この記事の結論

農業は小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回に補助上限50万円・補助率2/3で申請できます。対象になるのは販路開拓等の取組にかかる8区分の経費で、交付決定日以降に発生し補助事業期間中に支払が完了したものに限られます。事業支援計画書(様式4)の発行受付締切は2026年12月4日(金)、申請受付締切は2026年12月15日(火)17:00です。

農業は「製造業その他」の区分にあたり、小規模事業者の基準は常時使用する従業員20人以下です。ただし公募要領は「対象外の事業形態(明記された例)」として、系統出荷のみの個人農業者(林業・水産業も同様)を明記しています。農協等への系統出荷だけを行っている個人の農業者は対象外ですが、直売所やネット販売、加工品の製造・販売など系統出荷以外の販路をあわせて行っている場合や、法人形態(株式会社・合同会社等)で営んでいる場合は対象になり得ます。対象経費としては、直売やマルシェへの出展にあたる展示会等出展費、加工品開発にあたる新商品開発費、直売・EC用のウェブサイト関連費などが典型的な使いどころです。事業計画(様式2)では、系統出荷に依存しない新たな販路開拓の取組をどう実現するかを具体的に示すことが求められます。

項目内容
制度名小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回
補助上限(通常枠)50万円
補助率2/3(賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下の事業者は3/4)
インボイス特例補助上限に50万円上乗せ
賃金引上げ特例補助上限に150万円上乗せ(両特例で200万円上乗せ・最大250万円)
申請受付2026年11月5日(木) から 2026年12月15日(火)17:00
様式4 発行受付締切2026年12月4日(金)
申請方法電子申請(GビズIDプライムが必要)

出典:公募要領 第8版(2026年7月21日)

農業は補助対象になるか

農業が補助対象になるかは、業種ごとの「常時使用する従業員の数」で判定されます。業種の判定は、現に行っている事業の業態または今後予定している業態によって行います。

業種常時使用する従業員の数
商業・サービス業(宿泊業・娯楽業を除く)5人以下
サービス業のうち宿泊業・娯楽業20人以下
製造業その他20人以下

会社役員と同居の親族従業員、日雇労働者、2か月以内の期間を定めて使用される者、季節的業務に4か月以内の期間を定めて使用される者、試用期間中の者は「常時使用する従業員」に含まれません。

対象にならない事業者

医師・歯科医師・助産師、医療法人、一般社団法人・公益社団法人、一般財団法人・公益財団法人、学校法人、宗教法人、農事組合法人、社会福祉法人、協同組合等の組合(企業組合・協業組合を除く)、系統出荷による収入のみである個人農業者、申請時点で開業していない創業予定者、任意団体は補助対象になりません。小規模事業者持続化補助金<創業型>との重複申請はできません(同時に申請できません)。

農業の典型的な使い方と対象経費

農業が販路開拓の取組を組み立てるとき、補助対象経費のどの区分に当てはめるかを整理しました。経費区分は公募要領の8区分(機械装置等費・広報費・ウェブサイト関連費・展示会等出展費・旅費・新商品開発費・借料・委託・外注費)に限られます。

展示会等出展費で申請する

取組の例:地域のマルシェや農産物直売イベントに出展し、消費者に直接販売する場面

審査で説得力を持つ理由:系統出荷に依存しない新たな販路開拓の取組として説明しやすいため

新商品開発費で申請する

取組の例:規格外の農産物を使ったジャムや加工食品を試作する場面

審査で説得力を持つ理由:6次産業化による新たな商品開発として、試作内容とテスト結果を具体的に記載できるため

ウェブサイト関連費で申請する

取組の例:農産物の直売・EC販売サイトを新設する場面

審査で説得力を持つ理由:系統出荷以外の新しい販路を開拓する取組として説明しやすいため

広報費で申請する

取組の例:直売所の開設や収穫体験イベントを案内するチラシを制作する場面

審査で説得力を持つ理由:訴求先と狙いが明確で、新規顧客の獲得につながる根拠を示しやすいため

機械装置等費で申請する

取組の例:選果・パッケージング用の機器を導入する場面

審査で説得力を持つ理由:直売・加工販売の拡大に必要な設備投資として説明しやすいため

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農業の経営計画(様式2・様式3)の書き方

審査は基礎審査と計画審査に分かれます。計画審査では次の4点が評価されます。

  • 自社の経営状況分析の妥当性
  • 経営方針・目標と今後のプランの適切性
  • 補助事業計画の有効性
  • 積算の透明・適切性

農業の場合、次の観点を経営計画に落とし込みます。

  1. 系統出荷のみに依存していないこと(直売・EC・加工品販売等の販路があること)を明確に説明する。
  2. 個人事業主の場合は事業形態が対象外に該当しないか、商工会・農業関係の窓口にあらかじめ確認する。
  3. 新たな販路開拓や加工品開発によって、売上・利益をどう伸ばすかを数値目標とともに示す。
  4. 賃金引上げ特例を使う場合は、従業員の給与支給総額の引上げ計画を具体的に記載する。
  5. 商工会・商工会議所に早めに相談し、事業支援計画書(様式4)の発行日程を確保する。

提出する様式

様式名称備考
様式1持続化補助金事業に係る申請書申請システムに直接入力
様式2経営計画兼補助事業計画①申請システムに直接入力
様式3補助事業計画②申請システムに直接入力
様式4事業支援計画書地域の商工会・商工会議所が発行。発行受付締切は2026年12月4日(金)
様式5補助金交付申請書申請システムに直接入力
様式6宣誓・同意書申請システムに直接入力

農業が注意する対象外経費と不備

農業の申請でつまずきやすい点です。公募要領で対象外と明記されている経費は、計画に含めても補助されません。

対象外になりやすい経費・不備

  • 系統出荷のみを行う個人農業者は、対象外の事業形態として明記されている。
  • 農事組合法人は、対象外の法人形態として別に明記されている。
  • 種苗や肥料など通常の農業生産に必要な資材の仕入れは対象外。
  • 内容が不明確な「諸経費」としての計上は対象外になりうる。

補助対象経費は、次の3つの条件をすべて満たすものに限られます。

  1. 使用目的が本事業の遂行に必要なものと明確に特定できる経費
  2. 交付決定日以降に発生し補助事業期間中に支払が完了した経費
  3. 証憑資料等によって支払金額が確認できる経費

農業の準備物チェックリスト

農業が申請までに用意するものです。

  • 経営計画(様式2)・補助事業計画(様式3)の下書き(系統出荷以外の販路を明記)
  • 直近の確定申告書一式(個人事業主)または決算書(法人)
  • 対象外の事業形態に該当しないかの事前確認(個人農業者の場合)
  • 商工会・商工会議所への事業支援計画書(様式4)発行依頼
  • 対象経費の見積書(選果機器・ウェブサイト制作等)
  • GビズID(プライムまたはメンバー)

申請から補助金交付までの流れ

  1. GビズIDプライムの取得GビズIDで登録します
  2. 経営計画兼補助事業計画(様式2・様式3)の作成:事業者自身が検討した内容であることが必要です
  3. 事業支援計画書(様式4)の発行依頼:地域の商工会・商工会議所へ。発行受付締切は2026年12月4日(金)
  4. 申請:電子申請システムで提出。締切は2026年12月15日(火)17:00
  5. 採択発表:2027年3月頃(予定)
  6. 見積書等の提出:価格の妥当性を証明できる見積書等を提出(提出期限 2028年2月29日)
  7. 交付決定:交付決定日から補助事業を開始できます
  8. 補助事業の実施:実施期限は2028年3月31日(金)
  9. 実績報告書の提出:提出期限は2028年4月10日(月)
  10. 補助金の請求・交付:補助金は後払いです
  11. 事業効果等状況報告:補助事業終了から1年後の状況を報告します

交付決定前の発注は対象外です

補助対象になるのは交付決定日以降に発生した経費です。採択通知を受け取っただけでは発注できません。交付決定は採択発表から概ね1か月から2か月かかる場合があります。

経費区分ごとの上限や対象・対象外の線引きは、用途別ページで詳しく解説しています。

制度の全体像と申請実務は、あわせてお読みください。

よくある質問(FAQ)

A製造業その他の区分にあたり、常時使用する従業員20人以下であれば対象になり得ます。ただし系統出荷のみを行う個人農業者は対象外の事業形態として明記されています。まずは自分の販売チャネルが系統出荷だけになっていないかを確認することが重要です。個人事業主か法人かによって判断が変わるため、自分の事業形態をあらかじめ整理しておくことが重要です。
A系統出荷「のみ」の個人農業者が対象外とされているため、直売やEC販売などその他の販路もあわせて行っている場合は対象になり得ます。事業計画では、系統出荷以外の販路の実績や今後の拡大計画を具体的に記載することが重要です。詳細は商工会・商工会議所に確認してください。加工品の製造・販売や体験農園の運営なども、系統出荷以外の販路として説明材料になり得ます。
A株式会社・合同会社等の法人形態であれば、系統出荷のみの個人農業者の除外規定には該当しません。ただし農事組合法人は別に対象外の法人形態として明記されているため、自社の法人形態がどちらにあたるかをあらかじめ確認しておく必要があります。農業生産法人としての要件を満たしているかどうかは、別途農業関連の制度や窓口で確認する必要があります。
A新商品開発費として対象になり得ます。ただしテストマーケティングや市場調査の内容・結果を事業計画に記載することが必須で、単に加工品を試作するだけでは対象外になる可能性があります。想定する販売先や価格帯も具体的に記録しておくとよいでしょう。6次産業化にあたる加工品開発では、原材料の調達先や製造工程もあわせて具体的に記載しておくとよいでしょう。
A通常の農業生産活動に必要な資材の仕入れにあたるため対象外です。対象経費は新たな販路開拓や生産性向上につながる投資に限られ、種苗や肥料といった毎年繰り返し消費する資材は含まれません。選果・加工設備の導入など投資性のある費用を中心に検討してください。販売用に加工した後の梱包資材や配送費についても、通常の事業活動費用にあたる部分は対象外となる場合があります。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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