持続化補助金の入金時期｜精算払いの流れと資金繰り

持続化補助金は精算払い（後払い）です

補助金と助成金をめぐる誤解のうち、もっとも実害が大きいのが「採択されたらお金が入ってくる」という思い込みです。持続化補助金は精算払いで、事業を実施し、経費を支払い、実績を報告し、額が確定し、請求して初めて振り込まれます（P.22〜23）。

この順序は制度の設計から来ています。補助対象になるのは交付決定日以降に発生し、補助事業期間内に支払いが完了した経費だけです（P.24〜26）。つまり支払いが済んでいることが補助の前提なので、支払いより先に補助金が来ることは構造上ありえません。

工程	自社のお金の動き	補助金の動き
申請	動かない	動かない
採択発表	動かない（まだ発注できない）	動かない
交付決定	動かない	動かない
発注・契約	支払義務が発生する	動かない
納品・支払い	全額を支払う（立替）	動かない
実績報告	動かない	動かない
補助金額の確定	動かない	額が決まる
請求	動かない	請求手続きを行う
交付	入金される	振り込まれる

制度全体の流れは申請の流れ、報告の手続きは実績報告で解説しています。

第20回で入金までにかかる時間の目安

第20回受付締切分の日程を並べると、申請から入金までの距離が見えてきます（P.3、P.24）。

時期	できごと	補足
2026年11月5日	申請受付開始	電子申請システムのみ。郵送は不可
2026年12月4日	事業支援計画書（様式4）の発行受付締切	過ぎると発行を受けられない
2026年12月15日 17時	申請受付締切	予定は変更の可能性あり
2027年3月頃	採択発表	申請数等により変動
採択発表から1か月から2か月後	交付決定	ここから発注・支出が可能
2028年2月29日	見積書等の提出期限	過ぎると採択取消
2028年3月31日	補助事業実施期限	支払いまで完了させる
2028年4月10日	実績報告書の提出期限	早く終わった場合は終了日から30日以内との早い方
実績報告のあと	補助金額の確定、請求、交付	確定と請求の工程を経る

申請締切の2026年12月15日から採択発表の2027年3月頃までで約3か月。そこから交付決定までさらに1か月から2か月。事業を実施して実績報告を出し、確定と請求を経て入金です。補助金が実際に手元に届くまでには、申請から1年以上かかることを前提にしてください。

この長さは、設備の導入時期を決めるうえでも効いてきます。たとえば「来春には新しい機械を動かしたい」という希望があっても、第20回で申請した場合、発注できるようになるのは2027年の春から初夏です。急ぎの投資を補助金の日程に合わせて待つと、商機を逃すことがあります。補助金は投資の時期を決める制度ではなく、投資の負担を軽くする制度だと考えておくのが現実的です。

なぜこれだけ時間がかかるのかというと、工程のひとつひとつに審査や確認が挟まっているためです。申請の後に採択審査があり、採択の後に見積書等の確認を経た交付決定があり、事業の後に実績報告の確認を経た額の確定があります。国の予算を使う制度である以上、この確認は省けません。日程の見通しを甘く見積もると、事業そのものの計画が崩れます。

第20回の日程全体は第20回のスケジュールにまとめています。

いくら立て替えることになるのか

立替が必要な金額は、補助上限ではなく補助対象経費の総額です。補助率が2/3であれば、補助金50万円を受け取るために75万円を支払う必要があります。以下はモデルケースとしての計算例です。実際の採択や補助額を保証するものではありません。

ケース	補助対象経費	補助率	補助金（上限内）	自己負担	一時的な立替額
基本（上限50万円）	75万円	2/3	50万円	25万円	75万円
インボイス特例あり（上限100万円）	150万円	2/3	100万円	50万円	150万円
賃金引上げ特例あり（上限200万円）	300万円	2/3	200万円	100万円	300万円
両特例あり（上限250万円）	375万円	2/3	250万円	125万円	375万円
賃金引上げ特例の赤字事業者	200万円	3/4	150万円	50万円	200万円

補助上限は基本50万円で、インボイス特例で50万円、賃金引上げ特例で150万円が上乗せされ、両方に該当すると最大250万円になります。補助率は2/3、賃金引上げ特例を使う赤字事業者のみ3/4です（P.7〜11）。上限額が大きいほど、必要な立替額も大きくなるという関係が表から読み取れます。

上限と補助率の詳細は補助率と上限額、特例の要件はインボイス特例と賃金引上げ特例で解説しています。

実際の持ち出しは自己負担額だけではありません

表に書いた自己負担額は、補助対象経費に対する自己負担分です。実際の事業では、これに加えて次のような支出が発生します。いずれも補助金では戻ってきません。

• 対象外経費。消耗品、通信費、光熱水費、振込手数料、コンサルティング費用などは補助の対象になりません（P.18〜20）
• 消費税。課税事業者の場合、仕入控除の対象になる消費税は補助対象に含められません
• 借入金の利息。立替のために借り入れた場合の利息は対象外です
• 補助金にかかる税。補助金は事業年度の収益として計上され、課税の対象になります（P.24〜26）

つまり、計画を立てるときに見るべき数字は「自己負担25万円」ではなく、「75万円をいったん出し、その後に50万円が戻ってくるまでの間、事業を回し続けられるか」という視点です。金額の大きさより、資金が戻るまでの期間の長さのほうが効いてきます。

立替資金をどう用意するか

立替資金の用意には、いくつかの考え方があります。どれを選ぶにせよ、補助事業期間内に支払いを完了させることが条件である以上、支払い時点で現金が必要という点は変わりません。

方法	考え方	注意点
自己資金でまかなう	手元資金の範囲で計画を組む	運転資金を圧迫しない範囲にとどめる
金融機関に相談する	取引先の金融機関に事業計画と採択の状況を説明する	審査には時間がかかる。交付決定の見込みが立った段階で早めに相談
計画の規模を調整する	立て替えられる範囲に対象経費を収める	上限いっぱいを狙うことが目的ではない
支払時期を分散させる	発注のタイミングをずらして資金の山を作らない	補助事業期間内にすべての支払いを完了させる

ここで注意したいのが、支払条件の組み方です。補助事業期間内に支出が完了していない経費は対象外とされているため（P.18〜20）、支払いを事業期間の後にずらす形の分割払いは使えません。資金を平準化したい場合は、支払いを遅らせるのではなく、発注そのものの時期を分けるという発想になります。

また、借入金の利息は対象外です（P.18〜20）。立替のために借り入れた場合、その利息は補助金でまかなえません。資金計画には利息分も自己負担として織り込んでおく必要があります。

月ごとの資金の動きを1枚に書き出す

立替の負担は、総額よりも「いつ出ていっていつ戻るか」で決まります。補助事業に関係する入出金だけを抜き出した簡単な表を作っておくと、無理のある計画かどうかがすぐ分かります。以下は考え方を示すモデルケースで、実際の日付や金額を保証するものではありません。

時期	出ていくお金	入ってくるお金	確認すること
交付決定の直後	着手金や前払いが発生する場合がある	なし	この時点の手元資金で足りるか
納品・検収の月	残金の支払い	なし	支払期日が補助事業期間内か
補助事業の終了月	すべての支払いが完了している	なし	未払いが1件も残っていないか
実績報告の提出後	なし	なし（確定を待つ）	照会に即答できる状態か
確定・請求のあと	なし	補助金が入金される	入金額が確定額と一致しているか
決算期	補助金にかかる税負担	なし	収益計上の年度を税理士と確認したか

この表で「入ってくるお金」の欄がほとんど空であることが、精算払いの実態を端的に表しています。事業が終わるまで補助金は1円も入りません。運転資金に手を付けて設備を買った結果、日々の仕入や支払いが回らなくなっては本末転倒です。

相談は商工会・商工会議所から始めるのが早い

この補助金は、商工会・商工会議所の支援を受けながら取り組む事業であることが要件になっています（P.6）。様式4の発行で窓口と接点ができるため、資金繰りの相談もその流れで進められます。経営指導員は地域の事業者の相談を日常的に受けており、補助金の実務の流れも把握しています。窓口の探し方は商工会と商工会議所の違いで整理しています。

入金額は計上した金額と一致しないことがあります

補助金額は、申請時に計上した金額ではなく、実績報告の内容にもとづいて確定します。次のような要因で、当初の想定より少なくなることがあります。

確定額が下がる要因	内容
実際の支出が見積より少なかった	実支出額にもとづいて計算される
対象外の経費が含まれていた	その分が除かれる（内訳不明な経費、コンサル費用、消耗品など）
区分ごとの上限を超えていた	広報費とウェブサイト関連費は補助金交付申請額の上限が各30万円（税込）
消費税の扱い	課税事業者は仕入控除の対象になる消費税を補助対象に含められない
特例の要件を満たさなかった	上乗せが交付されない。全体が不交付になる場合もある
支払いが期間内に完了しなかった	その経費は対象外

第20回では、広報費とウェブサイト関連費の補助金交付申請額の上限がそれぞれ30万円（税込）に変更されています（P.13、P.14）。第19回までの「補助金交付申請額の1/4」という按分ルールは第20回には当てはまりません。古い情報のまま計画を組むと、確定の段階で想定より少なくなります。

また、交付申請額は消費税等仕入控除税額を減額して申請することが義務として定められています（P.24〜26）。免税事業者、簡易課税を選択している事業者、いわゆる2割特例を適用している事業者については消費税が対象となり得ますが、課税事業者は対象外です（P.18〜20）。自社がどの立場かによって、同じ買い物でも補助対象額が変わります。

確定額が想定より下がる事態を避けるには、計画の段階で対象外の線引きを済ませておくことが有効です。判断に迷う経費があれば、申請前に商工会・商工会議所の窓口で確認しておきます。実績報告の段階で初めて指摘されると、その時点では打ち手がありません。

対象外になりやすい経費は対象外経費、区分の当てはめは経費区分の間違いで解説しています。

入金を少しでも早めるためにできること

入金日そのものを事業者側で決めることはできませんが、工程を前倒しすることで結果的に早まる部分があります。制度上の期限を確認しながら整理します。

やること	効果	根拠になる期限
採択後すぐに見積書等を提出する	交付決定が早まり、事業に使える期間が長くなる	見積書等の提出期限は2028年2月29日
交付決定後すみやかに発注する	納品・支払いが早まる	発注できるのは交付決定日以降
支払いを前倒しで完了させる	事業の終了日が早まる	補助事業実施期限は2028年3月31日
事業終了後すぐに実績報告を出す	確定と請求の工程に早く進める	終了日から30日以内か2028年4月10日の早い方
証憑を事業中にそろえておく	報告後の照会が減る	関係書類は5年間保存

ポイントは、事業が早く終われば実績報告の期限も前倒しになるという点です。事業がそれより早く終了した場合の実績報告は、終了日から30日以内か2028年4月10日のいずれか早い方が期限になります（P.24）。つまり早く終えた事業者は、早く報告し、早く確定と請求に進めます。

早く終わらせることが最大の資金対策になります

補助事業実施期間は交付決定日から2028年3月31日までですが、この期間をめいっぱい使う必要はありません。むしろ、立替の期間を短くするという観点では、早く終えるほど有利です。事業を2027年のうちに終えられれば、実績報告は終了日から30日以内となり、確定と請求もその分だけ早く進みます。

期限いっぱいまで事業を引っ張ると、立替期間が長くなるだけでなく、納期の遅れや不測の事態を吸収する余地がなくなります。補助事業期間内に支払いが完了しなかった経費は対象外になるため（P.18〜20）、終盤に集中させるほどリスクが上がります。計画の段階で、期限の数か月前に終わる日程を組んでおくのが安全です。

入金後の会計と税務

補助金は事業年度の収益として計上され、課税の対象になります（P.24〜26）。入金額がそのまま手元に残るわけではないため、税負担も含めて資金計画を考える必要があります。

入金の時期が事業年度をまたぐ場合、どの年度の収益として扱うかという論点も出てきます。設備を購入した年度と補助金が入る年度がずれると、費用と収益の計上時期が一致しないことになります。会計処理の方法は事業者の状況で変わるため、顧問税理士に事前に相談しておくのが確実です。

あわせて、取得した財産の管理も入金後に続く作業です。単価50万円以上の機械装置等、50万円以上のウェブサイトやシステム、店舗改装等は処分制限財産にあたり、通常は取得日から5年間、処分に事務局の承認が必要です（P.24〜26）。買い替えや廃棄を検討する場合は、先に承認の要否を確認してください。補助金を受け取った時点で自由に処分できるようになるわけではありません。

論点	押さえること
収益計上	補助金は事業年度の収益として計上され、課税対象になる
年度をまたぐ場合	支出の年度と入金の年度がずれる可能性がある
取得財産の管理	単価50万円以上の機械装置等などは処分制限財産として5年間の管理が必要
書類の保存	事業終了後5年間の保存義務がある

処分制限財産の扱いは取得財産の処分制限、事業終了後の報告義務は事業効果報告で扱っています。

資金繰りにつけこむ勧誘に注意してください

精算払いであることは、裏を返せば事業者が一時的に資金の負担を抱えるということです。この負担を口実にした勧誘には注意が必要です。

発覚した場合は、交付決定の取消、加算金を伴う返還命令、不正内容の公表、補助金適正化法にもとづく罰則の対象になります。実質的な自己負担を減らすキャッシュバック等の取引は、そもそも対象外経費として公募要領に明記されています（P.18〜20）。成功報酬型・売上連動型の費用も対象外です。

同じ理由で、複数の補助金を同時に検討している場合も整理が必要です。同一事業者が同一内容の事業について国の他の補助事業と重複して受給することはできません。対象とする経費が重ならないように切り分けたうえで、それぞれの資金計画を立ててください。他制度との関係はIT導入補助金との併用で扱っています。

支援を受けること自体は問題ありません。問題になるのは、補助金の仕組みを悪用する契約形態です。支援者の選び方はコンサルの選び方、費用の考え方は申請代行の費用相場で整理しています。

支援を受けるかどうかを費用の面から考える場合も、精算払いである点が効いてきます。着手金を先に払えば、それも補助金が入るまでの持ち出しに加わります。なお、補助金の応募書類の作成費は対象外とされており（P.11〜21、委託・外注費）、申請支援にかかった費用を補助金でまかなうことはできません。支払う金額と、自分でどこまでできるかを見比べて判断してください。

入金まわりでよくある行き違い

最後に、資金の流れについて誤解されやすい点をまとめます。

よくある思い込み	実際
採択されたら補助金が入る	入金は事業完了後。実績報告、額の確定、請求を経て交付（P.22〜23）
交付決定で入金される	交付決定は発注してよくなる合図で、入金ではない
補助金で支払えばよい	対象経費は全額いったん自社で支払う必要がある
支払いを入金後にずらせばよい	補助事業期間内に支出が完了していない経費は対象外（P.18〜20）
上限50万円なら50万円の買い物でよい	補助率2/3のため、50万円の補助には75万円の対象経費が必要
計上した額がそのまま振り込まれる	実績にもとづいて確定し、対象外分は除かれる
借入の利息も補助対象になる	借入金利息は対象外（P.18〜20）
補助金には税金がかからない	事業年度の収益として計上され、課税対象になる（P.24〜26）

資金繰りの観点から見ると、この補助金は持っている資金の使い道を有利にする制度であって、資金がない状態そのものを解決する制度ではありません。立て替えられる範囲で計画を組むことが、結果的に事業を最後までやり切ることにつながります。

最後に、この補助金が何のための制度かを確認しておきます。事業の目的は、物価高騰や賃上げ、インボイス制度の導入といった制度変更に直面する小規模事業者等が販路開拓等に取り組むことを支援し、地域の雇用や産業を支える生産性向上と持続的発展を図ることにあります（P.4）。対象事業の要件にも、事業効果報告書の提出時点で売上高または売上総利益が補助事業終了時と比べて増加する見込みであることが含まれています（P.6）。補助金で買えるかどうかではなく、その投資で売上が伸びるかどうかが出発点です。資金繰りの計画も、その前提の上に立てるものだと考えてください。

出典・参考情報

• 全国商工会連合会ほか「小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領 第8版」（2026年7月21日公開・2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「補助金の請求」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「採択後の流れ」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「申請について」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「補助金の不正受給等の不正行為に対する処分」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会議所地区）「公式サイト」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は第20回公募 公募要領 第8版の内容にもとづいています。本記事の金額はモデルケースとしての計算例であり、採択や補助額を保証するものではありません。日程や要件は変更される場合があります。必ず各公式サイトで最新情報をご確認ください。