持続化補助金の申請の流れ｜準備から入金・効果報告まで

全体像を1枚で把握する

公募要領P.3には補助事業の流れが図で示されています。赤色の項目は補助事業者が実施し、白色の項目は補助金事務局が実施する、という色分けです。文章に直すと次の順になります。

順	工程	実施する人	第20回の期限・時期
1	GビズIDプライムのアカウントを取得	申請者	取得に数週間程度を要する（P.23）
2	事業計画（様式2）を策定し、電子申請システムへ入力	申請者	受付開始は2026年11月5日（P.3）
3	商工会・商工会議所へ事業支援計画書（様式4）の発行依頼	申請者・商工会等	発行受付締切2026年12月4日（P.3）
4	申請書類の提出	申請者	受付締切2026年12月15日17時（P.3）
5	採択	事務局	採択発表2027年3月頃予定（P.3）
6	見積書等の提出	申請者	提出期限2028年2月29日（P.3、P.24）
7	交付決定	事務局	採択発表から概ね1〜2か月が目安（P.3）
8	補助事業の実施	補助事業者	交付決定日から2028年3月31日まで（P.24）
9	実績報告書の提出	補助事業者	2028年4月10日（P.24）
10	補助金額の確定、請求、交付	事務局・補助事業者	実績報告後（P.3）
11	事業効果報告書の提出	補助事業者	補助事業終了から1年後の状況について（P.3、P.26）

工程1：申請できる状態をつくる

最初にやることは、計画づくりではなく環境づくりです。第20回の申請は電子申請システムでのみ受け付け、郵送での申請は一切受け付けられません（P.3）。

準備すること	内容	注意点
GビズID	電子申請システムの利用にGビズIDプライムもしくはメンバーのアカウントが必要	取得に数週間程度。暫定GビズIDプライムアカウントは使用できない（P.23）
登録情報の更新	既存アカウントの事業者情報を最新化する	更新しないまま採択されると、最新化するまで補助金の額の確定を受けられない（P.23）
地区の確認	事業を営む場所が商工会地区か商工会議所地区かを確認する	事務局も公式サイトも様式4の手順も異なる（P.1、P.22）
決算書類	法人は貸借対照表・損益計算書（直近1期分）、個人は直近の確定申告書一式	決算期を一度も迎えていない場合の代替書類が定められている（P.26〜27）
特例・加点の証憑	インボイス特例、賃金引上げ特例、各加点に応じた書類	指定のファイル名を付けて添付する（P.28〜31）

地区の判定に迷う場合は、公募要領の表紙に窓口の検索サイトが案内されています。商工会は商工会検索サイト、商工会議所は商工会議所検索サイトです。判定の基準は本社の登記地ではなく、事業を営む場所の市区町村です。地区が違えば事務局も公式サイトも様式4の反映方法も変わるため、最初に確定させておくと後の手戻りがなくなります。

GビズIDの取得は公募期間と関係なく進められます。申請受付開始の2026年11月5日を待つ理由はありません。詳しい手順と注意点はGビズIDと電子申請にまとめています。必要書類の全体像は必要書類の一覧で確認してください。

工程2：経営計画と補助事業計画をつくる

次に、電子申請システムへ経営計画および補助事業計画を入力します。公募要領は、申請をするまでに電子申請システムへ入力して申請内容を印刷し、希望する特例や加点等に関する書類等を添付のうえ、商工会・商工会議所へ様式4の発行依頼を行う、という順序を示しています（P.22）。計画は様式4の発行依頼より前に形になっている必要があります。

様式	名称	提出方法
様式1	持続化補助金事業に係る申請書	申請システムに直接入力（添付不要）
様式2	経営計画兼補助事業計画①	申請システムに直接入力（添付不要）
様式3	補助事業計画②	申請システムに直接入力（添付不要）
様式5	補助金交付申請書	申請システムに直接入力（添付不要）
様式6	宣誓・同意書	申請システムに直接入力（添付不要）
様式4	事業支援計画書	商工会・商工会議所が発行（P.26）

補助対象事業の要件として、事業効果および賃金引上げ等状況報告書提出時の売上高・売上総利益が補助事業終了時と比較して増加することが見込める事業であることが定められています。申請時には、客観的なデータを用いた市場や顧客ニーズの分析、営業方針、新規取引や値上げの見込みなどの根拠や説明とともに、定量的な成果を補助事業計画（様式2）に記載する必要があります（P.6）。

また、業務効率化（生産性向上）の取組による経費支出は、あらかじめ申請時に所定の様式内に内容を記載し経費明細表に計上していることが前提条件で、変更承認手続きにより事後に補助対象経費へ加えることはできません（P.25）。この段階での書き込み不足は、後から取り返せません。書き方は事業計画書の書き方で扱っています。

工程3：様式4の発行を受ける（締切が11日早い）

事業支援計画書（様式4）は、地域の商工会・商工会議所が発行します。発行にあたっては、申請者に事業計画の内容や提出書類の過不足（特例に申請する場合は要件を満たしているかも含む）について確認が行われます（P.22）。窓口での確認を挟むため、ここは自分の作業速度でコントロールできない工程です。

地区	手順	完了の条件
商工会地区	申請システム内で地域の商工会へ発行依頼を行い、窓口へ行って発行を受ける（発行のために面談を行う）	発行されると申請システムに反映される。発行されるまで申請を完了できない（P.22、P.26）
商工会議所地区	地域の商工会議所へ発行依頼を行い、発行を受けたPDFファイルを申請システムへアップロードする	アップロードするまで申請を完了できない（P.22、P.27）

なお、この補助金は小規模事業者自身が商工会・商工会議所の支援を直接受けながら取り組む事業とされており、社外の代理人のみで相談や様式4の発行依頼等を行うことはできません（P.22）。事業承継加点を希望する場合は、様式10の発行依頼も様式4と同時に行います（P.37）。窓口の探し方は商工会と商工会議所の違い、発行手順の詳細は様式4の発行手順で確認できます。

工程4：申請する（2026年12月15日17時）

受付締切までに、必要な提出物をすべて揃えて申請します。受付締切時間は17時です（P.22）。郵送はありません。

確認事項	公募要領の定め
応募件数	同一事業者からの同一受付締切回への応募は1件（P.23）
重複応募	代表者が同じ複数の法人での同一事業の申請、同一の個人が個人事業主として、かつ代表を務める法人等で同一事業に申請することは不可（P.24）
複数屋号	複数の屋号を使用している個人事業主も応募は1件のみ（P.24）
判明した場合	複数応募が判明した場合はすべて不採択。採択後に判明した場合も遡って採択を取り消す（P.24）
創業型との関係	小規模事業者持続化補助金＜創業型＞に申請中または採択を受けている事業者は対象外。同時に申請できない（P.5）
添付ファイル	指定の形式・指定のファイル名で所定の場所に添付する。パスワード設定等で内容を確認できない場合は審査ができない（P.23）

申請後、必要に応じて追加資料の提出および説明を求められることがあります。また申請書類等の返却はありません（P.23）。創業型との使い分けは創業型の要件で整理しています。

締切から逆算した段取り

工程1から4までを日付に落とすと次のようになります。空欄を埋めるのは自社の作業日数です。

時期	やること	間に合わないと起きること
いますぐ	GビズIDの利用登録、または登録情報の更新	電子申請システムにログインできず、申請そのものができない
受付開始前	決算書類・確定申告書の準備、特例や加点の証憑の確認、計画の骨子づくり	窓口相談の段階で材料が足りず、やり直しになる
2026年11月5日	申請受付開始。電子申請システムへ経営計画・補助事業計画を入力	ー
11月中旬まで	入力内容を印刷し、商工会・商工会議所へ様式4の発行を依頼	面談日程が取れず12月4日に間に合わない
2026年12月4日	様式4発行の受付締切	いかなる理由があっても発行されず、第20回の申請は不可能になる
12月上旬	添付書類のファイル名を整え、所定の場所に添付。入力内容を最終確認	不備があると審査ができない扱いになる
2026年12月15日17時	申請受付締切	17時を過ぎれば受け付けられない

この表で自分の手だけで完結するのは、入力と添付だけです。GビズIDの発行と様式4の発行は相手のある工程で、締切直前に速度を上げることができません。日程の詳細は第20回のスケジュールで確認できます。

工程5・6：採択発表と見積書等の提出

審査は非公開で提出資料により行われ、ヒアリングは実施されません（P.32）。応募事業者全員に採択または不採択の結果が通知されます。第20回の採択発表は2027年3月頃の予定で、申請数等により変動します（P.3）。

採択後は、計上しているすべての経費について見積書等を提出し、事務局での審査を経て交付決定となります（P.22）。ここで求められるのは、経費の価格の妥当性を証明できる見積書等（相見積を含む）です。

項目	内容	根拠
提出するもの	計上したすべての経費についての見積書等（相見積を含む）	P.24
提出期限	2028年2月29日	P.3、P.24
期限を過ぎた場合	見積書等の提出がなされていない場合は採択取消し	P.3、P.24
内容の要件	支出内容が不明確なものは認められない。見積金額に複数の項目が含まれる場合は内訳を示す	P.24
対象外経費があった場合	当該支出を除いて補助対象経費を算出する。速やかに対応できない場合は採択されても交付決定できないことがある	P.24
採択後の減額	採択された場合であっても、予算の都合等により希望金額から減額される場合がある	P.32

結果は応募事業者全員に通知されます。採択案件については、補助事業者名、代表者名、補助事業名、事業概要、住所、業種、法人番号（法人の場合）および補助金交付申請額を公表することがあるとされています（P.32）。また、採択審査結果の内容についての問い合わせには応じかねると明記されているため、不採択の理由を後から確認することはできません。

相見積が必要になる条件は経費の種類と金額で決まります。発注総額が1件あたり50万円（税込）を超える場合は原則2者以上、中古品は金額を問わず全件2者以上が必要です（P.11〜21）。詳細は見積書と相見積のルールで確認してください。

工程7：交付決定（ここから着手できる）

見積書等の審査を経て、事務局から補助金交付決定通知書が送付されます。通知書に記載された交付決定日から補助事業を開始できます（P.3）。交付決定には、採択後に詳細な見積書が速やかに提出された場合でも、採択発表から概ね1〜2か月かかる場合があるとされています（あくまで目安であり状況により変動します・P.3、P.24）。

時点	できること	できないこと
採択通知書を受け取った時点	見積書等の提出、事業の準備・検討	補助対象となる経費の発注・契約・支出（P.24）
交付決定通知書に記載の交付決定日以降	補助対象となる経費の発注・契約・支出	計画にない新規費目の追加（原則不可・P.25）
2028年3月31日	補助事業実施期限。ここまでに支払いまで完了させる	期限を超えた支出の計上

この論点は交付決定前の発注で詳しく扱っています。

工程8：補助事業を実施する

補助事業実施期間は、交付決定日から2028年3月31日までです（P.24）。この期間内に、経費の支払いまで完了させる必要があります。実施中に守るべきルールを整理します。

ルール	内容	根拠
計画の変更	経費の配分や内容の変更、中止・廃止、承継には事前の承認が必要。原則として計画に記載のない新しい費目の追加は認められない	P.24〜25
業務効率化の取組	申請時に所定の様式内に記載し経費明細表に計上していることが前提。変更承認手続きで事後に追加することはできない	P.25
支払方法	1取引10万円（税抜）を超える現金支払いは不可。小切手・手形・相殺による決済も不可	P.18〜20
取得財産の記録	購入物件ごとの納品前後の写真と送付伝票の写真を撮る	P.26
表示	補助対象物件および付属品に「第20回持続化」の表示を行う（シール、マジック等）	P.26
台帳	取得した機械装置等は、取得財産等管理台帳を含め備品台帳等を作って整備する	P.26
実地検査	進捗状況確認のため事務局等が実地検査に入ることがある。協力しない場合は交付決定取消しとなる場合がある	P.41

支払方法の制限は、実務でとくに引っかかりやすい項目です。1取引10万円（税抜）を超える現金支払いは対象外で、小切手・手形・相殺による決済も認められません。商品券・金券・仮想通貨・ポイントでの支払いも対象外とされています（P.18〜20）。また、補助事業期間内に支出が完了していない経費、成功報酬型・売上連動型の費用も対象外です。銀行振込で、期間内に支払いまで終える、という形に揃えるのが安全です。

実施中に想定と違う事態が起きたときは、自己判断で進めないことが原則です。経費の配分や内容の変更、中止、廃止、他への承継はいずれも事前の承認が必要で、承認を得ないまま進めた分は補助対象として認められない可能性があります。処分制限財産を承認なく処分した場合は、交付規程違反として補助金交付取消・返還命令（加算金付き）の対象になると明記されています（P.25）。迷った時点で事務局または窓口に確認するのが、結果的にいちばん早い手順になります。

写真と表示は、事業が終わってからでは撮り直せません。設備を導入する日に忘れずに記録してください。計画変更の手続きは計画変更の承認で扱っています。

工程9・10：実績報告から入金まで

補助事業の終了後、実績報告書（交付規程様式第8）および支出内容の分かる関係書類等を、定められた期日までに事務局へ提出します（P.25）。第20回受付締切分の提出期限は2028年4月10日です（P.24）。

項目	内容	根拠
実績報告の期限	2028年4月10日。ただし実施期間の途中で補助事業が終了（補助対象経費の支払いまで含む）したときは、その日から起算して30日を経過した日、または上記期限のいずれか早い日まで	P.24
未提出の場合	定められた期日までに提出が確認できなかった場合、交付決定を取り消す	P.25
不備があった場合	事務局の指示に従って訂正し、速やかに再提出しなければならない	P.25
金額の変動	実績報告時に要件を満たしていると認められない場合、交付決定通知書に記載した交付金額より少なくなる場合がある（交付決定を取り消す場合を含む）	P.25
消費税の扱い	交付申請書の記入にあたっては消費税等仕入控除税額を減額して申請する。課税事業者は消費税および地方消費税相当額をあらかじめ補助対象経費から減額する	P.25
入金までの順序	実績報告書の提出、補助金額の確定、補助金の請求、補助金の交付	P.3

補助金は後払いです。公募要領の冒頭にも、補助事業遂行の際には自己負担が必要であり補助金は後払いであることが明記されています。設備の支払いを済ませてから入金までに時間があるため、その間の資金を自社で用意できるかどうかは着手前に確認しておく必要があります。入金時期の考え方は精算払いと入金時期、報告書の作り方は実績報告の手順で扱っています。

工程11：入金後も続く義務

補助金が振り込まれた後にも義務が残ります。ここを知らずに設備を処分したり、書類を捨てたりすると問題になります。

義務	内容	根拠
事業効果等状況報告	補助事業終了から1年後の状況について、事務局が指定する期限までに必ず提出する	P.26
未提出の影響	提出していない事業者、および提出が完了してから1年間が経過していない事業者には、補助金申請に際し制限が課される	P.26、P.5
処分制限財産	単価50万円（税抜）以上の機械装置等の購入、自社ウェブサイトの外注による作成、店舗改装による不動産の効用増加等は処分制限財産に該当し、一定期間は処分に事務局の承認が必要	P.25
無断処分の結果	承認を得ずに処分を行うと、交付規程違反により補助金交付取消・返還命令（加算金付き）の対象	P.25
書類の保存	補助事業に関係する帳簿および証拠書類を、補助事業の終了日の属する年度の終了後5年間保存する	P.25
検査	この期間に会計検査院等による実地検査等が実施される可能性があり、応じなければならない	P.25
税務上の扱い	補助金は補助金の額の確定を受けた事業年度における収益として計上し、法人税・所得税の課税対象となる	P.26

補助金の経理上の扱いも先に知っておくと、資金計画の精度が上がります。補助金は補助金の額の確定を受けた事業年度における収益として計上し、法人税・所得税の課税対象となります（P.26）。入金額がそのまま手元に残るわけではないという前提で、設備投資の資金繰りを組んでください。

事業効果報告は、次に持続化補助金を使うための条件にも直結します。過去に採択・実施した事業者が再び申請するには、様式第14の事業効果および賃金引上げ等状況報告書を提出済みで、かつ事業実施期間終了月の翌月から1年が経過していることが必要です（P.5）。詳細は事業効果報告と取得財産の処分制限で確認してください。

出典・参考情報

• 全国商工会連合会ほか「小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領 第8版」（2026年7月21日公開・2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「申請について」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「採択後の流れ」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会地区）「見積書等の提出」（2026年9月11日閲覧）
• 小規模事業者持続化補助金（商工会議所地区）「公式サイト」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は第20回公募 公募要領 第8版の記載にもとづいています。日程・要件・手続きは変更される場合があります。採択後の具体的な手続きは、事務局が公開する「補助事業の手引き」および別紙「参考資料」に従ってください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。